Den amerikanske flåta var kraftig svekka etter Pearl Harbor. Den bestod berre av tre hangarskip og eit av dei, "Yorktown", var skada.
Admiral Yamamotos flåte bestod av heile 11 slagskip og 5 hangarskip. Dermed kjende han seg sikker på å erobre Midway-øyene. Men det admiral Nimitz frå den amerikanske flåta hadde som Yamamoto ikkje visste, var kodesystemet til japanarane. Admiral Yamamoto sendte 20, mai 1942 ut ein operasjons-ordre til den japanske flåta. Denne koden var lett for amerikanarane å lese. Koden innehaldt blant anna at Yamamoto planla eit stort angrep som truleg ville komme 3. Juni. Amerikanarane hadde mistanke om at dette angrepet ville komme mot Midway.

Yamamoto var smart og brukte en bokstavkode som amerikanarane ikkje kjende til for å angi staden der angrepet skulle komme. Det japanske kodenavnet på Midway var A.F.
For å finne ut kvar A.F. var, gav Joseph J. Rochefort, som var kaptein i flåta til Nimitz, ut ein ordre til soldatane på Midway om å sende ut ein kode, som japanarane kjende til, om at anlegget for vass-destillasjon på øya var i ustand.

Berre nokre dagar seinare sendte admiral Yamamoto ut ein kode til flåta si om at A.F. mangla vatn. Amerikanarane var no sikre på at A.F. var Midway.
Nimitz samla dei tre hangarskipa, "Hornet", "Yorktown" og "Enterprise", på Pearl Harbor og starta reparasjonen av "Yorktown" med ein gong.
3. juni 1942 kom angrepet på Midway island. Yamamoto angreip med fire hangarskip. Det var "Akagi", "Kaga", "Soryu" og "Hiryu".
Fly frå dei japanske hangarskipa bomba forskjellege mål på Midway.
Bombinga av Midway fortsatte også 4. juni. Dei amerikanske hangarskipa låg nord og aust for den japanske flåta.
Amerikanske torpedofly gjekk til angrep på dei japanske hangarskipa, men bomma. Stupbombarar frå "Enterprise" greidde å senke "Akagi" og "Kaga". Seinare skada stupbombarar frå "Yorktown" "Soryu". Til slutt vart også "Hiryu" senka. Admiral Yamamoto hadde mista alle hangarskipa sine medan den amerikanske admiral Nimitz berre mista "Yorktown".
Amerikanarane vann slaget og den japanske flåta vart aldri ein trussel for dei allierte igjen. Slaget ved Midway var eit av dei store vendepunkta i krigen.